La présence de très nombreuses bactéries dans le tube digestif (la flore intestinale) est connue de longue date et il en va de même du rôle important joué par ces bactéries dans le processus de digestion des aliments que nous consommons. Par contre, la découverte d’un rôle vraisemblablement essentiel de ces bactéries dans le fonctionnement du système immunitaire et dans la genèse des affections auto-immunes constitue un fait nouveau que certains n’hésitent pas à qualifier de révolution.